Project R-11406

ADMIRE: Ontrafelen van associaties, causaliteit en biomerkers in translationeel microbioom onderzoek. (Onderzoek)

De opkomst van next generation sequencing heeft het microbioom onderzoek een enorm sterke stimulans gegeven, waardoor verbeterde duurzame plantaardige productie en nieuwe methoden voor preventie en therapie van vele menselijke ziekten mogelijk worden. Bestaande data-analyse methoden slagen er echter niet in om voldoende betrouwbare en reproduceerbare conclusies te genereren, omdat ze onvoldoende aangepast zijn voor de hele specifieke data-karakteristieken (hoge frekwentie van nullen, overdispersie, compositionaliteit, ...). Wij beogen (1) het ontwikkelen van robuuste en flexibele statistische methoden voor de analyse van geclusterde en longitudinale microbioom data, (2) het aanpassen van causale mediatie-analyse voor microbioom data en het integreren van machine learning methoden in de procedures, (3) het ontwikkelen van informatieve visualisatie-methoden voor het integreren van microbioom data met andere (hoog-dimensionale) databronnen, en (4) het ontwikkelen van statistische joint models voor het integreren van microbioom data met andere klinische uitkomsten voor de ontdekking van biomarkers. Het project omvat ook een pilootstudie om het effect van het plant-microbioom op het fecale en darm microbioom van muizen en hun effect op de immuunrespons te bestuderen. Vier doctoraatsstudenten zullen aangesteld worden en voor ieder doctoraatsproject worden minstens twee (co)promotoren van minstens twee verschillende instituten aangeduid.

01 januari 2021 - 31 december 2024