Project R-11125

Statistische methodes om proteïne-abundanties te schatten aan de hand van peptide-massa-spectrometrie. (Onderzoek)

Het bestuderen van proteïnen laat toe om kennis te vergaren die niet beschikbaar is wanneer genen bestudeerd worden, want het zijn de proteïnen en niet de genen die het fenotype van cellen bepalen omwille van biologische processen zoals post-translationele modificaties (PTMs). Een belangrijke techniek om proteïnen te identificeren en te kwantificeren is massa spectrometrie (MS). In de "bottom-up" benadering van MS, worden peptiden – kleine segmenten van proteïnen – opgenomen door de massa spectrometer, waardoor de metingen op het peptide-niveau gebeuren. Sommige peptiden kunnen voorkomen in verschillende proteïnen. Naar deze peptiden wordt verwezen als gedeelde of gedegenereerde peptiden. Het probleem van gedeelde peptiden kan niet opgelost worden door technologische verbeteringen, omdat eiwitten van dezelfde proteïne-families, groepen van proteïnen die een gezamenlijke voorouder hebben, of proteïne-verwanten, die afkomstig zijn van hetzelfde gen of gen-families, homologe aminozuur-sequenties hebben. Tijdens proteïne-kwantificatie worden gedeelde peptiden meestal genegeerd of verwijderd. Dit leidt tot verschillende problemen, zoals minder geïdentificeerde proteïnen, want eiwitten met enkel gedeelde peptiden worden verwijderd. De geschatte hoeveelheid en de precisie van de kwantificatie wordt ook beïnvloed door het verwijderen van gedeelde peptiden. Het hoofddoel van dit project is de ontwikkeling van een nieuw kader voor statistische modellen die toelaten om informatie van gedeelde peptiden te gebruiken in de kwantitatieve analyse van proteïnen.

01 november 2020 - 31 december 2023