Project R-2722

Samenwerkingsovereenkomst in het kader van het doctoraat : "Nieuwe informatica algoritmen voor de analyse van post-translationele modificaties in massaspectrometrie gegevens" (Onderzoek)

De studie van post-translationele modificaties (PTMs) van eiwitten is noodzakelijk om de complexiteit van biologische processen te begrijpen. Echter, de massaspectrometrie gedreven detectie van PTMs is niet triviaal. Bijvoorbeeld, geautomatiseerde hoog doorvoer massaspectrometrie methoden selecteren vaak eiwitten gebaseerd op de abundantie in de biologische stalen, terwijl de abundantie van een eiwit geen garantie is voor de aanwezigheid van een PTM. Zulke informatie afhankelijke acquisitie van gegevens is nefast voor het dynamisch bereik van de massaspectrometrie methode. Daarom ontwikkelen we in dit project een nieuwe en snelle manier om data afkomstig van hoge resolutie massaspectrometrie op een originele manier te interpreteren. Meer specifiek, met behulp van een algoritme scoren we de gedetecteerde eiwitten op potentiële modficaties. Op deze wijze wordt er een "PTM Map" gecreëerd die peptiden benadrukt die potentieel gemodificeerd zijn. Deze score is vooral gebaseerd op de invloed van een modificatie op de isotoop verdeling en massa van een eiwit. We onderzoeken of massa- en isotoopverschuiving voldoende zijn om een onderscheid te maken tussen gemodificeerde en niet gemodificeerde eiwitten. Bovendien zal, om het aantal vals positieven te reduceren, de voorgestelde methode worden uitgebreid met enkele heuristieken gerelateerd aan een aantal goedgekende PTMs zoals fosforylatie, glycolsylatie etc. De methode zal worden geïntegreerd in het bestaande proteomica platform. Het innovatieve aan dit project is het gebruik van de isotopen verdeling en isotoop massas als indicator voor fosforylatie.

01 oktober 2011 - 30 september 2013