Project R-3252

Endofyt-gestimuleerde plantengroei en fytoremediatie: de stabiliteit van de geïnoculeerde stam als cruciale stap naar in situ toepassingen (Onderzoek)

Pseudomonas putida W619-TCE is een groei-bevorderende wortelendofyt van populier die beschikt over het pTOM plasmide waarop de genen gelokaliseerd zijn voor de afbraak van trichloroethyleen (TCE). In situ inoculatie van deze bacteriële stam in populieren die groeien op een TCE-verontreinigde site resulteerde reeds in een 90% gereduceerde TCE evapotranspiratie, die 3 maanden na inoculatie gemeten werd. Vooraleer dit concept kan geëxtrapoleerd worden naar lange termijn veldtoepassingen, dient de stabiliteit van de inoculatie onderzocht te worden. Aangezien re-inoculatie mogelijk noodzakelijk kan zijn voor het vrijwaren van een lange termijn stabiliteit, wordt in eerste instantie een re-inoculatie strategie geoptimaliseerd die toepasbaar is onder veldcondities. Vervolgens worden TCE-blootgestelde en niet-blootgestelde populierstekken geïnoculeerd en een deel van deze geïnoculeerde stekken wordt na 6 maanden gereïnoculeerd . Het effect van (re)inoculatie wordt elke 3 maanden onderzocht door de totale bacteriële populaties te vergelijken gebruik makend van DGGE analyses. De verschillen die worden waargenomen, worden gekwantificeerd met behulp van qRT-PCR en pyrosequencing. Verder wordt de vestiging/aanrijking van de geïnoculeerde stam bevestigd aan de hand van BOX-PCR DNA fingerprinting. Hiernaast wordt nagegaan of het pTOM plasmide wordt doorgegeven aan andere leden van de bacteriële populatie (horizontale gentransfer). Voor de cultiveerbare populatie worden de receptoren van het plasmide geïdentificeerd en wordt de expressie van de afbraakgenen in het plasmide gekwantificeerd gebruik makend van qRT-PCR . Bovendien wordt de TCE afbraakcapaciteit van de receptoren van het plasmide getest met behulp van HPLC. De overdracht van het pTOM plasmide naar niet-cultiveerbare leden van de bacteriële populatie wordt gekwantificeerd door middel van qRT-PCR.

01 oktober 2011 - 30 september 2015